اعتقل ضباط من مديرية التحقيقات الجنائية محمد دون أمر توقيف في 18 فبراير 2014، في حوالي الساعة 1:30 صباحاً في مكان عمله. وفي الساعة 2:30 صباًحا، أُفيد بأن محمد مفقود وداهمت قوات الأمن منزله دون أمر قضائي. بعد أربعة أيام، بلّغ محمد أسرته خلال اتصال سريع بأنه يُجرى استجوابه في إدارة التحقيقات الجنائية. وخلال فترة الأربعة أيام هذه، تعرض لعدة أنواع من التعذيب من قبل الضباط. قاموا بإهانته لفظياً، وتقييد يديه، وعصب عينيه، وضربوه، ووضعوه في زنزانة باردة، حتّى يستخرجوا منه الاعترافات بالإكراه. أفاد محمد في وقت لاحق أن السلطات اعترفت ببراءتِهِ لكن مشاركته في المظاهرات ضد الحكومة جعلت منهُ خائناً. عندما حاول رمضان توضيح أنه أُجبر على التوقيع على اعتراف كاذب أمام القاضي، أعادته المحكمة إلى مركز شرطة الرفاع لمدة 13 يومًا، حيث ورد أنه عُصب عينيه، وقيّد بأحزمة، وتعرض للتعذيب مرة أخرى عانى محمد ولا يزال من إصابات إثر التعذيب الذي تعرض له، وضباط الشرطة أوقفوا علاجه بحجة طلبهم إلى استجواب ثان. وقد رُفض طلبه للوصول الى محامي حتى محاكمته في ديسمبر 2014.

عند تقدّمه أمام المحكمة، أفصحَ محمد فوراً عن التعذيب الذي تعرّض له، لكل من المدعي العام والمحكمة الجنائية العليا الرابعة. ومع ذلك، أدانت المحكمة محمد بجريمة القتل المتعمَّد، مع استناد المحكمة على اعترافه القسري. وتوفيت والدته أثناء احتجازه، في 14 ديسمبر 2017، ولم يُسمح لمحمد بأي شكلٍ توديعها أو المشاركة في جنازتها.

اعتقل الضباط حسين علي موسى في 21 مارس 2014 دون أمر قضائي في قرية سماهيج البحرينيّة. واستخدم ضباط إدارة التحقيقات الجنائية أساليب التعذيب نفسها، وتعليقه بالسقف لمدة ثلاثة أيام مع ضربه بالهراوات، وتم تهديده بإيذاء أقربائه وبالتعرض لأخواته لإجباره على الاعتراف بأنه متورط في التفجير، وأن محمد كان يحمل العبوة الناسفة أثناء أحداث الدير. وبعد اعترافه، نقله موظفو إدارة التحقيقات الجنائية إلى مكتب النيابة العامة، حيث سحب حسين اعترافه. عند ذلك أعاده الضباط إلى مكتب إدارة التحقيقات الجنائية، وواصلوا تعذيبه لمدة ثلاثة أشهر أخرى. كما أنّ السلطات رفضت طلبه للوصول الى محاميٍ أثناء الاستجواب. ورافقته شرطة سماهيج إلى القرية حيث طلب منه أن يمثّل وجهة نظرهم من القضيّة بين ما كان يُسجّل ذلك على شريط فيديو.

حكمت محكمة جنائية على الرجلين بالإعدام في 29 ديسمبر 2014، وأكدت محكمة النقض الأحكام الإعدام في نوفمبر 2015، لكنها ألغتها في أكتوبر 2018 بعد ظهور تقرير طبي سابق لم يكن معلناً يبدو أنه يؤكد اتهامات موسى بالتعذيب. ومع ذلك، دون إجراء مزيد من التحقيق وبناءً على نفس الأدلة، أعادت محكمة الجنايات العليا قبول الإدانات وأحكام الإعدام بحق موسى ورمضان في 8 يناير 2020، وأكدت محكمة النقض هذه الأحكام في 13 يوليو 2020.

عانى محمد رمضان منذ أشهر من آلام شديدة تبدأ من رقبته حيث شعر بورم، ثم انتشر الألم في وجهه دون أن تتحرك إدارة السجن، وفي ديسمبر من عام 2022 نشرت زوجته على حسابها في تويتر أن زوجها تعرض للإهمال الصحي والتباطؤ في إخضاعه للتصوير بالأشعة السينية لتشخيص طبيعة الورم أو الغدة الموجودة بالرقبة. بعد عدة أشهر من المعاناة والألم، وهو الآن يتلقى العلاج.

في 29 يوليو 2020 وجه مجموعة خبراء من الأمم المتحدة وهم: المقرر الخاص المعني بالتعذيب وغيره من ضروب المعاملة، والمعني بالإعدام خارج نطاق القضاء التعسفي، والفريق العامل المعني بالاحتجاز التعسفي، والمعني بحالات الاختفاء القسري، رسالة إلى البحرين أعربوا فيها عن قلقهم بشأن الإحتجاز التعسفي لمحمد رمضان وحسين موسى، وانتزاع الاعترافات تحت التعذيب، والحرمان من الضمانات الأساسية كالمحاكمة العادلة. شدد الخبراء على ضرورة منح جميع الأشخاص الإجراءات القضائية الواجبة بما في ذلك السرية والوصول إلى التمثيل القانوني، خاصة بعد أن نفى الضحايا تورطهم في أي هجوم إرهابي في البحرين.

في تقريره المقدم إلى دورة مجلس حقوق الإنسان الحادية والخمسين التي بدأت في 12 سبتمبر 2022، قدم الفريق العامل المعني بالاحتجاز التعسفي 4 آراء تم تبنيها بشأن سجناء بحرينيين: من بينهم محمد رمضان وحسين موسى

في 14 مايو 2023، تعرض عدد السجناء السياسيين المحكومين بالاعدام للإعتداء بالضرب كان من بينهم محمد رمضان وأيضاً حسين موسى كان متواجداً في المبنى ذاته الذي حصل فيه الاعتداء، ما أدى إلى وقوع إصابات وحروق بحسب إفادات سجناء، واقتيد محمد مع سجين آخر الى جهة مجهولة خارج المبنى. تلك الحادثة وقعت بعد أن قام عناصر من حراس السجن بمداهمة المبنى بحجة التفتيش، وقاموا بتخريب مقتنيات السجناء، ولأن البعض احتج على تخريب مقتنياتهم، رد عليهم الحراس بالضرب العنيف. منذ الإعتداء الأخير هذا انقطعت أخبار محمد رمضان وانقطع الإتصال مع عائلته، وباتت العائلة قلقة على مصيره المجهول وحاولت الإتصال بإدارة السجن لكن دون الحصول على جواب، بعدها قامت العائلة بتحركات احتجاجية ومنها أمام مكتب ولي العهد وحاولت توجيه رسالة لكن لكن تلق آذاناً صاغية. وفي 24 مايو وأثناء تواجدها في مركز شرطة الحورة تلقت زوجته اتصالاًً منه وأخبرها بالانتهاكات العدة التي تعرض لها في الإعتداء الأخير الذي حصل في 14 مايو: التقييد في ممر المد بطريقة الصلب لمدة ثلاثة ساعات تقريباً، رش الفلفل عليه وعلى السجناء الآخرين، الضرب، الإقتياد الى السجن الإنفرادي مع تقييد اليدين والرجلين بالسلاسل ليومين أو ثلاث، وضعه في غرفة شديدة البرودة.

 إنّ ما تقوم به البحرين ضد محمد رمضان وحسين علي موسى ينتهك القانون الدولي، بما في ذلك اتفاقية مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية أو اللاإنسانية أو المهينة، والعهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية (المواد 7 و9 و14)، والعهد الدولي بشأن الحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية (المادة 12).

تدعو منظمة أمريكيون من أجل الديمقراطيّة وحقوق الإنسان في البحرين السلطات البحرينية إلى احترام التزاماتها في مجال حقوق الإنسان بإلغاء أحكام الإعدام الصادرة بحق محمد رمضان وحسين علي موسى وضمان أن تكون المحاكمات المستقبلية متماشية مع الحق في محاكمة عادلة ومستقلة، وتطلب التحقيق في ادعاءات التعذيب التي ترتكبها السلطات البحرينية وقف سياسة الإفلات من العقاب والإفراج العاجل وغير المشروط عنهما.